Seaduse alusel jagunevad kaitstavad liigid kolme kategooriasse.

     I KATEGOORIASSE kuuluvad kõige ohustatumad liigid.
(Näit. kollane käoking,  lehitu pisikäpp, haruline võtmehein, ebapärlikarp, must-toonekurg, merikotkas, madukotkas, kaljukotkas, kalakotkas, rabapistrik, rabapüü, lendorav, euroopa naarits)

     II KATEGOORIASSE kuuluvad haruldased ja veidi vähem ohustatud liigid.
(Näit. saaremaa robirohi, jugapuu, luuderohi, rand-ogaputk, kärbesõis, jumalakäpp, kivisisalik, säga, järvekaur, väike-konnakotkas,   krüüsel, kassikakk, siniraag, sinirind,
mitu nahkhiireliiki, lagrits, pähklinäpp, Eestist läbi rändavad sookured, väike- ja laululuiged,
valgepõsk-lagled, metsis, rukkirääk, balti risla, rohunepp, valgeselg-kirjurähn, hallhüljes )

     III KATEGOORIASSE kuuluvad üldiselt laia levikuga liigid, mida kaitstakse, et ennetada nende hääbumist.
(Näit. kaunis kuldking, käokeeled, neiuvaibad, vesiroosid, kollad, mets-õunapuu, mets-pirnipuu, künnapuu, Eestis arvukalt esinevad, kuid mujal Euroopas ohustatud liigid, kõik meil esinevad kahepaiksed ja roomajad, liigid, mustlaik-apollo, kullilised, kakulised, mitmed värvulised, metsakuklased, kimalased, siilid ja kõik karihiirlased.) 

     Hävimisohtu sattunud liikide kasvukohti ja elupaiku hoitakse kaitse all. Samal ajal püütakse uurida, kuidas nende liikide paljunemist soodustada. 
     Kaitsealuse liigi täpset kasvukohta või elupaika käsitleva teabe avalikustamine on keelatud, sest selle tagajärjel võivad need liigid ohtu sattuda. Selleks, et säilitada haruldaste liikide elupaigad looduses, on keelatud sisse tuua võõrliike, mis võiksid kahjustada looduslikku tasakaalu ja välja tõrjuda kohalikud liigid.

Paraku on olemas üsna kurbi näiteid meie enda minevikust.      Nii on karusloomakasvatustest põgenenud ameerika naaritsad ehk mingid välja tõrjumas Eestis varem elanud euroopa naaritsaid. Nad võtavad üle euroopa naaritsate elupaigad, on nendest tunduvalt viljakamad ja takistavad ka euroopa naaritsate paljunemist.      Teine näide on meile sisse toodud kährikkoer, kellest on saanud oht suurte metsalindude metsiste ja tetrede pesakondadele, kes on jäänud meie metsades haruldaseks.

      Ohus olevad liigid on arvel ka Punases raamatus. Punane raamat ei sisalda
looduskaitseseadusi ega -määrusi, vaid on teaduslike andmete kogu, mis kajastab liigi levikut ja seisukorda koos ettepanekutega selle kaitsmise vajaduse kohta.
     Punasesse Raamatusse kantakse teadlaste kogutud koondandmestik haruldaste ja ohustatud liikide kohta.
     Punane Raamat koosneb eri värvusega lehtedest.
     Punastele lehtedele kantakse eriti ohustatud liigid, kollastele väheneva arvukusega liigid, valgetele haruldased liigid, rohelistele ohust pääsenud liigid ja hallidele lehtedele need liigid, mille seisundit on vähe uuritud.

      Loodus muutub pidevalt, inimese mõju loodusele suureneb ja koos sellega muutuvad ka taime- ja loomaliikide elutingimused. Seepärast peab pidevalt jälgima ohustatud ja haruldaste liikide olukorda.